В основе истории лежит судьба космического линкора «Ямато», сконструированного на основе остатков знаменитого морского линкора, поднятого с морского дна. Благодаря использованию новейшего космического двигателя, основанного на чужеродных технологиях, корабль отправляется в опасное путешествие для спасения человечества. Империя Чёрного Небулана, враждебная расе людей, готовится нанести сокрушительный удар. Её могущественный флот почти полностью уничтожает земные силы. Оставшимся людям необходимо срочно собрать судно из утопшего в 1945 году «Ямато», чтобы отправиться на миссию спасения. Во время своего путешествия внезапно теряют связь с Землей, но в Чёрной туманности находят необычную галактику, напоминающую Млечный Путь. На неизвестной планете, которая является точной копией Земли, они обнаруживают ужасные разрушения и марионеточного правителя по имени Скальдар. Оказывается, что прохождение через вихрь на окраине Чёрной туманности перенесло «Ямато» через временной портал, и их приключения только начинаются...