Наступило время, когда человечество должно сразиться с новым и страшным врагом – Империей Комет из галактики Андромеды. Злобный принц Зордар, правитель Империи, заполняет свои часы, изготавливая новый космический флот, планируя отомстить землянам за прошлые поражения. Однако земляне не дремлют, они успешно восстанавливают свою экономику после прежней войны и их космический флот становится совсем не слабее вражеского. Но Зордар имеет тайное оружие – он призывает из мертвых легендарного правителя Десслера при помощи древнего ритуала. Десслер жаждет мести и ведет флот Империи Комет в главное сражение с землянами. В жестокой битве погибают космические флоты обеих империй. Линкор "Ямато" – флагман землян – оказывается одним из немногих выживших кораблей. Командир Сусуму Кодаи понимает, что его корабль нанесен непоправимые повреждения и приказывает экипажу покинуть его. Он намеревается использовать линкор "Ямато" для тарана в скрытую столицу Империи Комет и окончательно положить конец долгой войне.