События разворачиваются в будущем, 2027 году, вскоре после окончания страшной войны. Город Нью-Порт стремительно восстанавливается после бури, когда внезапно стал свидетелем серии таинственных бомбардировок. В результате одного из этих нападений был убит высокопоставленный военный чиновник, запутавшийся в сети коррупции и незаконной торговли оружием.
Дайсукэ Арамаки, глава отдела общественной безопасности, начинает свое расследование, которое приводит его к Мотоко Кусанаги, агенту 501-го секретного отдела. Бато, опытный детектив полиции Ниихамы, занимается параллельным расследованием двух убийств.
Мотоко попадает под пристальное наблюдение Куруцу, главы 501-го секретного отдела, и группы киборгов-агентов. Среди нарастающей напряженности и опасностей, Мотоко и ее команда должны раскрыть правду и остановить безжалостного злодея, прежде чем он вновь навлечет хаос и разрушение на город. Вмешательство судьбы, загадочные заговоры и интриги приводят весь мир на грань беспорядка.