В 2045 году Япония оказалась на грани больших изменений. Протагонистка аниме, Мотоко Кусанаги, известная как кибернетическая девушка, долгие годы служила в полиции. Ее главная миссия - противостоять подпольным преступным группировкам. Но однажды наступил день, который она боялась и ждала с тревогой - Мотоко подает заявление об уходе, подтверждаемое высшим руководством. Без своего звания майора, Мотоко сталкивается с сложностями, пытаясь адаптироваться к обычной жизни гражданского населения.
В поисках денег, девушка решает стать наемницей и оказывается впутанной в грандиозную войну «Стабильная война», которая имеет свою цель - перезагрузить мировую экономику. Организации для достижения своих целей нужны смертоносные убийцы, которые будут устранять оппозицию и сохранять старую экономическую систему.
Из преданной и праведной полицейской, Мотоко превращается в хладнокровную наемницу, которой чужды понятия чести и морали. В результате серии жестоких событий, премьер-министр принимает решение о восстановлении 9-го отдела. На помощь приглашается детектив, чья задача - вернуть Мотоко и ее бывших коллег. Тогда начинается совместная работа детектива и Мотоко, в то время как она и ее команда выполняют различные приказы с фронта.