Два года прошло с того дня, когда Мотоко Кусанаги покинула 9-й отдел. Теперь новым лидером стал Тогуса, который увеличил количество сотрудников отдела до двадцати. Перестроенная команда сталкивается с рядом странных инцидентов, которые приводят их к высококлассному хакеру, известному как "Кукольник". Во время расследования Бато случайно встречается с Мотоко. В своем прощальном сообщении она предостерегает его оставаться подальше от Solid State Society - организации, обеспечивающей стабильность государства. Бато начинает задумываться о том, что Мотоко может быть самим "Кукольником". С каждым новым случаем отдел приближается к разгадке. Но кто на самом деле стоит за идентичностью "Кукольника"? Каковы будущие отношения между Бато и Мотоко? И какая истина скрывается за этими хорошо продуманными преступлениями?