Власти Японии обнаруживают неидентифицированный космический корабль, что заставляет их принять решение отправить робота-исследователя и Мазингера-робота для расследования происшествия. Мазингер только что восстановился после предыдущей битвы и его силы истощены, поэтому искусственному разведчику удалось первым обнаружить летающую тарелку. Гуманоиды задумали захватить Японию с помощью биологического оружия и выпустили мощного монстра по имени Гилгилган, чтобы сразиться с роботами. Мазингер проигрывает откровенную схватку с монстром, но затем предлагает разведчику объединиться и сосредоточиться на поиске слабостей Гилгилгана. Вместе они намерены сразиться до конца и спасти Японию от этой угрозы.