В мире, где человечество стало целью ужасных пришельцев Гауна, люди решаются на отчаянные шаги, чтобы выжить. Они стремятся найти новый дом, исследуя космос на борту космического корабля под названием "Сидония". Несмотря на то, что рыцари-пилоты отважно защищают корабль, но пришельцы не останавливаются и продолжают к своей победе. Один из лучших пилотов, Нагатэ Таникадзэ, осознает, что ситуация становится все более отчаянной. Старое оружие становится бесполезным, а товарищи погибают один за другим.
В таких мрачных временах приходится предпринимать отчаянные меры. Военные и ученые объединяют усилия, чтобы создать новую форму сущности на основе забытых знаний. Это создание получает имя Цумуги Сирауи - химера, соединяющая в себе тело Гауна с человеческой личностью. Теперь, вместе с этим новым союзником, люди готовы сразиться с врагом на более высоком уровне. Однако не все одобряют этот эксперимент и его последствия. Судьба землян на пути к новому дому остается под вопросом, и им предстоят еще множество испытаний и опасностей.