В эпоху, когда человечество стало жертвой инопланетного вторжения от Зентреди, оно отправляет в космос колонизационные корабли, чтобы обеспечить себе будущее. Однако жизнь старшеклассника Саотомэ Альто в флоте "Макрос Фронтир" меняется раз и навсегда. В самый неподходящий момент, когда он выступает на концерте поп-идола Шерил Ноум, флот подвергается неожиданной атаке неизвестных существ. Альто вынужден защищать Ранку Ли, девушку, которую встретил всего несколько часов назад, и заменить погибшего пилота в современном боевом юните. Замеченный во время инцидента, Альто получает приглашение от компании "S.M.S. Skull Squadron" присоединиться к их организации. Теперь он должен защищать своих друзей и флот "Макросс Фронтир" от разрушения и хаоса, создаваемого пришельцами.