В эпицентре ожесточенной войны между двумя противоположными фракциями - натуралистами (OMNI) и координаторами (ZAFT) - отправляется таинственный боец-координатор, чтобы похитить недавно созданную Земным альянсом мобильную броню из натуралистической колонии Гелиополис. Гражданский координатор Кира Ямато учится в техническом колледже той же колонии. Когда «ZAFT» насильно захватывает четыре из пяти мобильных бронемашин, Кира натыкается на оставшийся - «Страйк», и вынужден взять его под свое управление, чтобы спасти свою жизнь и жизни своих друзей. В хаосе событий он также сталкивается со своим давним другом Асураном Залом, который, ирония судьбы, является солдатом «ZAFT» и одним из налетчиков в Гелиополисе. Под командованием Киры на «Страйке», он присоединяется к Земному альянсу на борту космического корабля «Архангел», надеясь защитить своих друзей, хотя сердце его тяготеет от того, что ему придется сражаться со своим бывшим товарищем и другими, когда-то близкими людьми.