На Древнюю Японию эпохи Эдо нападает высокотехнологичная инопланетная раса. Правитель не обладает достаточным мужеством, чтобы развязать полномасштабную войну и капитулирует, согласившись на условия противника. Таким образом устанавливаются новые порядки и развивается производство в стране. Однако, Гинтоки и его друзья на протяжении многих лет ведут подрывную работу. Поскольку пришельцы запретили носить настоящее оружие, главный герой таскает с собой деревянную катану. Со стороны это кажется глупым, на самом деле клинок заколдован и разит не хуже металлического. Его соратники Котаро, а так же Тацума хотят добиться союза между Принцем Хатой и другим противником инопланетян Шиджаку. Постепенно "Армии освобождения" набирает силы, но до окончательно победы еще далеко. Лишь энтузиазм и целеустремленность Гинтоки не позволяет соратникам впасть в отчаяние.