Мадока, маленькая японская девочка, только что закончила второй класс и живет счастливой жизнью в городе Митакихар со своей замечательной семьей. Ее отец заботится о домашнем хозяйстве, а мать является успешным бизнес-леди. У Мадоки также есть младший брат, а ее близкие друзья всегда поддерживают ее в радости и горе. Ее жизнь кажется простой и обычной, пока она не встречает судьбу.
Однажды Мадока видит ужасный кошмар, в котором одной девушке предстоит сразиться с тьмой. Но потом она узнает, что эта загадочная девушка из ее снов может быть реальной. Вскоре появляется странная магическая девочка с милым пушистым существом по имени Кьюбец. И оказывается, что Кьюбец не может говорить. Канаме, одна из ее ровесниц, также стремится стать магической девочкой и исполнить одно желание. Но она даже не догадывается, какой страшной ценой придется заплатить.
Пятеро девочек такого же возраста, как Мадока, также желают помочь ей. Но темные силы так могущественны, что победить их не так просто. Встанет ли Мадока на путь истинной волшебницы и сможет ли она противостоять тьме?