Смелые, неустрашимые и гибкие ниндзя, своими подвигами пришли к формированию истории Японии. Их смелость в битвах всегда сопровождалась изяществом и ловкостью, поэтому рассказы о ниндзя привлекают внимание как поклонников боевых искусств, так и мечтателей. Период Мэйдзи Реставрации стал трудным временем для клана ниндзя - они чувствовали все большее угнетение, и с каждым днем количество членов этого особого сообщества уменьшалось. Поэтапно они исчезли полностью, разбросавшись по самым отдаленным уголкам страны. Клан ниндзя почти исчез, но некоторые доблестные воины не сдавались и пытались сохранить великое наследие. Для этой цели было создано Всемирное объединение ниндзя с целью возрождения этого знаменитого клана. Однако возродить силу шиноби было очень сложно, пока ученым не удалось установить, что для развития определенных навыков и способностей необходимо иметь ниндзя-DNA. В связи с этим глава ассоциации принимает решение провести первый в истории турнир под названием "Ниндзяла", чтобы найти самого сильного и талантливого ниндзя. Самый могущественный участник поможет возродить легендарный клан ниндзя и принести с собой новых воинов, способных на великие свершения.