События происходят после первого сезона, спустя некоторое время. Ёко занята исследованиями на плавучей платформе у побережья Мадагаскара, а Мадока, потерявшая способность активировать "глаз ауры", возвращается в Камогаву. По возвращении домой она находит письма от Лан и Мугинами, где они рассказывают о своей текущей жизни и поздравляют её с наступающим Новым Годом. С месяцами заканчивается ещё один учебный год, и Мадока переходит в следующий класс, теперь её день рождения не за горами. В это время её лучшие подруги приезжают в поселение Камогава, превращенное в межгалактический туристический центр на планете Полигидрон.