Сакаки, глава банды "R", отыскивает беглого Мьюту в отдаленном районе Джото, стремясь повторно поймать его. Он использует Мьюту их клоновых покемонов в качестве приманки. В это время Сатоши и его друзья попадают в плен к новому члену команды "R" по имени Домино. Теперь начинается битва за выживание, в ходе которой Мьюту должен разобраться, имеют ли покемоны, созданные с научной помощью, свою собственную судьбу и предназначение в этой жизни.
Но в самый неожиданный момент Мьюту осознает, что ему угрожает не только его собственное будущее, но и будущее всех клоновых покемонов воздействуемых командой "R". С каждым новым сражением и встречей с новыми друзьями, Мьюту постепенно осознает, что его непростое происхождение не определяет его сущность. Он хочет найти свою собственную свободу и призвание, и показать всему миру, что развитие покемонов не должно ограничиваться лишь научными экспериментами и боевыми схватками. Сможет ли Мьюту изменить свою судьбу и освободить покемонов-клонов? Только время и их вера в свободу покажут.