Главные героини: Микото Мисака и Куроко Сираи обучаются в Академии, расположенной на Юге Японии. Администрация учебного заведения возлагает огромные надежды на воспитанников, которые являются сосредоточением разума и света. Однако чтобы достичь соответствующего уровня и в будущем стать героями, которые будут способны решить глобальные проблемы человечества, учащиеся должны успешно пройти программу развития мозга. Только семь человек достигли максимального уровня и могут бросить вызов противникам. Микото является одной из претендентов. Она в одиночку вступает в борьбу и оказавшись на грани добра и зла понимает, что война идёт давно. Сохраняя нейтралитет, девушка учится взаимодействовать с различными противниками и находить способ расправиться с ними.