По прошествии двенадцати лет после Завершения Второй Нео-Зеоновской войны, Земная Федерация поддерживала мир с Республикой Зеон. Но прекрасные времена быстро закончились, когда жадность и предвзятость Федерации вызвали появление террористических групп, известных как "охотники за людьми". Эти группировки жестоко насилуют и депортируют людей, считающихся "маргиналами" и неверными гражданами, в космические лагеря. Но не только Федерация враг - группа террористов под названием Мафти также борется за свои идеалы.
Первый герой этой истории - Ной Хэтэуэй , лидер Мафти и сын легендарного Брайта Ноа. Он страдает от воспоминаний о прошлых событиях, особенно о смерти Куесс Парайи и своей вере в Банши и Амуро. Загнанный в угол, он планирует свою мстительную операцию, используя мощный прототип RX-105 Гандама, чтобы отомстить Федерации.
Его первая задача - напасть на высокопоставленных членов Федерации во время встречи в Австралии и принудить их голосовать против правительственных поправок, Кеннет Слег и его команда из Земных Космических Сил выступают против Мафти, готовые уничтожить их.