В конце тысячелетия близится катастрофа, которая обещает поглотить мир. Ла-Метал, огромная и развитая планета, периодически проходит мимо Земли и каждый раз принесет с собой ужасные стихийные бедствия и катаклизмы. В 1999 году Ла-Метал подойдет на небезопасно близкое расстояние к Земле, и возникает угроза столкновения. Но это еще не все - жители Ла-Метал уже давно планируют захватить Землю.
Профессор Амамори, работник местной обсерватории, узнает о надвигающемся кризисе и рассказывает об этом своей ассистентке, Яёй Юкино. Но Яёй - это не обычная помощница, она скрывает свою истинную природу как таинственная Королева Тысячелетия, известная как Ла Андромеда Прометия II. Она была послана на Землю с Ла-Метала, чтобы наблюдать и тайно управлять человечеством на протяжении тысячи лет, ожидая своей последовательницы. Однако, Яёй решает стоять на стороне землян и, используя все свои силы, пытается предотвратить наступающую катастрофу.