Во втором сезоне зритель получает возможность узнать о прошлых годах и школьных днях загадочных стражей городов Севера и Юга, Юко и Химуры, чья помощь помогла героям успешно пройти испытания в первом сезоне. Раскрывая тайны и разоблачая прошлое, будут раскрыты трагические события, которые связывают судьбы всех героев сериала.
Центральная история вращается вокруг любви скрипача по имени Сюити Кудзэ, находящегося на краю смерти, и юной Мидзуки. Если она сможет преодолеть все трудности, не потеряв себя, она может стать его новой возлюбленной.
"Эф - история мелодий" является шедевром, который приглашает зрителя преодолеть границы реальности и показывает, что каждый человек с добрым сердцем способен на подвиги. Второй сезон объединяет различные исторические линии, помогая понять, что два города, в которых происходят события, являются отражением друг друга и символизируют баланс и сверхъестественное. Жители этих городов, как и мы, простые люди, с их собственными надеждами и мечтами.
Сюити Кудзэ, один из главных героев, на первый взгляд кажется женственным, но при ближайшем знакомстве становится ясно, что он предпочитает одиночество. В то время как Мидзуки Хаяма не намерена отступать, особенно после того, как услышала восхитительные мелодии, исполняемые его скрипкой. Суити упорно пытается оттолкнуть ее, когда она пытается приблизиться... Их медленное сближение насыщено предсказаниями и намеками на предстоящую трагедию.