Главной героиней этой истории является Акко - девочка-волшебница, хотя она не имеет каких-либо навыков волшебства и выросла в семье обычных людей. Увидев вдохновляющее шоу волшебства в детстве, она решила поступить в академию «Новая Луна», где надеется на практические занятия по волшебству. Однако, большинство ее уроков состоит из теоретических лекций и чтения книг, что не закаляет ее умения. Но однажды она неожиданно окажется в лабиринте на поиски редких предметов вместе со своим классом, где удастся наткнуться на неизведанные части лабиринта и столкнуться с монстрами и древними артефактами. Способности Акко к колдовству постепенно начинают проявляться благодаря ее новым друзьям, среди которых алхимик и ведьма-противница. История рассказывает о приключениях главной героини в академии и ее борьбе за успехи во всем, что связано с колдовством. "Академия ведьмочек" является одним из проектов, получивших финансирование на 38 миллионов иен через "Проект подготовки молодых аниматоров 2012".